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赤水河流域为生态脆弱区域，现行的流域生态补偿机制存在补偿资金来源单一、总量不足且持续性较差、补偿方式较为单一等问题。将政府和社会资本合作（Public-Private Partnership,PPP）模式应用于建立赤水河流域生态补偿机制，有助于拓宽补偿资金来源、增加资金总量、丰富补偿方式，推动各利益相关方收益共享、风险共担。与传统PPP项目相比，基于流域生态补偿的PPP项目具有更为复杂的风险结构，风险因素的正确识别和合理分担是成功运用PPP模式完善赤水河流域生态补偿机制的关键。本文识别基于赤水河流域生态补偿的PPP项目运作关键环节，甄别各环节面临的主要风险因素；基于云理论建立风险分担模型；将有关风险在政府和社会资本间进行分担。研究结果表明：（1）基于赤水河流域生态补偿的PPP项目运作过程共包括项目准备、项目实施和项目合同终结等三个阶段、共11个关键环节，各环节共面临26个主要风险因素。（2）分析了有关风险因素可能对赤水河流域生态补偿机制或PPP项目产生的不利影响，并指出了风险引致方。（3）在项目准备阶段，政府拥有绝对的资源优势，以政府为主承担主要风险；在项目实施阶段，项目风险总体上由政府承担为主向社会资本承担为主转移，80%的风险主要由社会资本承担；特许经营期满后，社会资本将项目的经营权（或所有权与经营权同时）向政府移交，在项目合同终结阶段，有关风险再次以政府承担为主。